组织与个人，敌人和伙伴，是本剧贯彻始终的两个核心命题。
忠于个人往往意味着对组织的背叛，敌人往往假装成伙伴。这两条核心论点在每一集、每一个人身上都被一再强调。香坂身处高位突然间跌入谷底，根本原因是触碰了组织的阴暗面并且抓住不放，而在此过程中他又一次次将敌人当作伙伴。三笠前署长从恩师变为罪犯；小野田一课长的立场则忽暗忽明，时敌时友，深不可测；山田八面玲珑，是敌是友完全依靠利益得失判断；渡部在分部与一课两个时期行事风格判若两人，即便本质并未腐化，表面上看也从友过渡到了需要防范的人物之列；尚显青涩的三岛在笔者看来倒像是一枚定时炸弹，不知编剧之后会制造什么幺蛾子。
人物线方面，敌友关系被一再颠覆；而就每一个角色的个人历程而言，则无一不体现出个人与组织的矛盾以及他们各自不同的解决方式。香坂坚持真相，一再忤逆组织却在所不惜；山田立场摇摆，不到大是大非的地步，不会轻易做组织的叛徒；小野田深藏不露，利用他人与组织的矛盾巩固自己作为组织中既得利益者之一的地位；三笠则明目张胆放弃警察的个体价值，转而利用组织阴暗面谋取私利。警察作为个体，目的是查明真凶，但警察组织作为暴力机器却需要维持表面的权威，这种权威有时与真相矛盾。本剧借小野田之口道出的组织的真相便是残酷的现实：组织想要保持清明成本太高，可以用钱解决的问题便用钱轻松解决岂不更好。钱也好，其他龌龊的手段也罢，在组织的稳定性面前，真相永远是第二位的。
组织保持稳定的方式往往只能行于暗处，从来不是去恶扬善、改弦更张这般简单。疾风骤雨的警示作用仅限于一时，而且这种激进的方式对于组织元气的伤害往往使人感到得不偿失。因此，个人利益永远不可能与组织完全一致，妥协和忍耐方为识时务者的选择。然而，每个组织中都有一两个敢于直面风暴的人，这样的人或有能力改变组织，或者最终也被组织改变，这里面有太多的不确定。劫后重生的幸运、卧薪尝胆的耐力、察言观色的本事……为了达成改变组织的目标，这个直面风暴者与组织的羁绊只会更深而不会更浅，到最后恐怕早就放弃赤子之心，只求明哲保身。
说到这里，我们仿佛只看到个人是如何一步步被组织所吞噬，无论是主动参与还是被动就犯。但本剧却还是给了观众一丝希望。作为“小小的巨人”的香坂，无论组织多么强大，真相多么脆弱，人性多么复杂，却依旧没有放弃对使命的追求。或许编剧对香坂的形象有些过于神化，但我们无疑从这个角色身上看到一种很强的象征性。那是一种理想的执法者的形象，寄托着普通人对社会现实的抗争。黑暗中的一线光明当然值得赞颂。同时，对于其他角色内心的挣扎，编剧也着墨颇多。这让我们看到各种与残酷现实和解的方式。香坂的和解方式最为理想化，仿若一个希腊神话中的勇士。山田的和解充满了犹豫与曲折，从而形成了一种外厉内荏的形象，透过表面的锋芒，观众得以窥探这个人物极其脆弱与迷茫的一面。小野田等既得利益者的和解方式直截了当，即心甘情愿为组织所用，他们是对组织暴力最适应的人，但却并不热爱这个组织，甚至对其深恶痛绝，组织的便利只不过恰好满足了他们的复仇心或私欲。
