讲述了十岁左右的小女孩米芽,一人寻找父亲的过程中在大自然里的奇妙经历。

米芽的爸爸在外地的工地上打工,最近工地上接连出现事故,工人们认为是天意而人心惶惶,后来施工隧道塌方,米芽爸爸不幸被埋。

米芽与父亲惺惺相惜,一个噩梦的惊醒,因为太想念爸爸了,于是,她决定去寻找在外打工的父亲

她的旅程并没有一帆风顺,但是米芽勇敢、有信念,她身上没有带任何包袱,唯一带上的只有在天堂的妈妈给她留下来的“护身符”。

一路上总有人告诉米芽外面很危险,劝诫米芽不要去。可米芽一心只想找到爸爸,她什么困难和危险都不怕。
这一路上,有帮她渡河的小男孩、用自行车载她一程的老爷爷、还有把她藏在裙下帮她上车的胖阿姨;

工地老板正在招商引资,因为工地接二连三出现事故,工人把事故跟山里的巨人联系在了一起,于是消灭森林巨人成了老板的目标。

忙于赚钱的同时,老板的夫妻关系早已亮起红灯,儿子也埋怨他没时间陪他,没耐心听儿子讲话。

爸爸买好了枪弹准备杀死巨人,儿子希望爸爸不要这样做,可爸爸不听劝阻。

米芽在森林里认识了巨人米咕人们,在米咕人眼里“爸爸”就是湖中央的那颗圣树,米咕人是守护圣树的,如果圣树死了,米咕人也会死。


老板欺骗并利用了米芽,他得知圣树就是巨人的生命,于是他把圣树毁灭了。血光覆盖了整片天空。

米芽发现自己被欺骗后选择跳飞机,老板儿子也受不了父亲选择跳飞机,老板的飞机被乌鸦报复坠落,自己也跌入了深洞。

圣树死亡意味着世界末日,可米芽认为只要有种子,可以再种,她也发现圣树是倒着长的,也就是树枝上的种子其实在土里面,她鼓励米咕人们团结。

种子重新发芽,万物复苏。老板在深洞里和米芽爸爸相遇,两人共同努力钻出深洞。

老板回归了家庭,爸爸和米芽回归了故乡。
