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据史料记载，扁鹊并不是寿终正寝的，而是秦国太医李醯因嫉妒派刺客在半路上劫杀的。在秦武王时期，秦武王因举鼎伤了腰部，但是吃了太医李醯开的药并不见好转，而这时扁鹊来到秦国并轻易的让秦武王病症痊愈，秦武王当即决定重用扁鹊。而李醯担心扁鹊超过他，决定除掉这个心腹之患，并排出杀手假扮猎户，在半路上劫杀了扁鹊。
扁鹊作为神医，为后世留下了数之不尽医学方面的财富，根据《汉书》中记载，扁鹊著有《扁鹊内经》和《扁鹊外经》，但都以失传，现存的《难经》时候人假借扁鹊之名所著。
比如中医所称的望闻问切，就在扁鹊身上得到了充分的应用，当时扁鹊称之为望色、听声、写影和切脉。
